An der damaligen Universitätsnervenklinik wurde am 01.01.1995 die Abteilung für Psychosomatik und Psychotherapeutische Medizin gegründet. Mit der Umwandlung der Universitätsnervenklinik in das Zentrum für Nervenheilkunde erhielt die Abteilung im Dezember 1995 den Status einer eigenständigen Klinik. Die Einrichtung wurde seit ihrer Gründung von Prof. Dr. Dr. Wolfgang Schneider geleitet, der zuvor als Leitender Oberarzt an der Abteilung für Psychosomatik und Psychotherapeutische Medizin an der Ruhr-Universität Bochum tätig war. Prof. Schneider ist seit dem 31.3.2018 emeritiert.

Seit dem 1.5.2019 leitet Prof. Dr. Carsten Spitzer die Klinik. Prof. Spitzer war zuvor Ärztlicher Direktor des Asklepios Fachklinikum Tiefenbrunn.

Die Klinik heißt seit dem 18.6.2020 Klinik für Psychosomatische Medizin und Psychotherapie analog zur Facharztbezeichung.